El uso de URLs amigables es importante ya que, a parte de dar un aspecto más sobrio a los enlaces de un sitio, ayuda a los motores de búsqueda y por tanto al SEO.
No obstante, a nivel de desarrollo nos puede dar algún que otro problema si se usan links relativos a otros archivos. Por ejemplo, los enlaces a CSSs, imágenes y otras páginas dentro del sitio se romperían.
Un post muy útil de Anton Oliinyk nos explica cómo solucionarlo y usar links relativos con URLs amigables sin problemas.